Bioinformatic of aquaculture

MERUBAH BETINA MENJADI JANTAN pada IKAN NILA

Ada beberapa cara untuk dapat meningkatkan mutu ikan nila diantaranya adalah pemilihan induk unggul yang diperoleh dengan, manipulasi kromosom atau dengan cara sex reversal untuk mendapatkan bibit monosex.

Memproduksi benih monosex artinya memproduksi ikan dengan satu jenis kelamin yaitu jantan atau betina saja. Hal ini didasarkan pada pola pertumbuhan ikan yang berbeda antara ikan jantan dan betina. Pada ikan nila pertumbuhan ikan jantan lebih cepat dibandingkan ikan betina, jantan berumur 3-4 bulan dapat mencapai berat rata-rata 150 gr /ekor, sedangkan betina hanya 100 gram/ekor. Ini berarti pertumbuhan jantan 30% lebih cepat dibandingkan betina. Sehingga dengan hanya memproduksi benih ikan jantan saja dapat meningkatkan produksi dari usaha pembesaran ikan nila.

Hormon Metiltestoteron merupakan hormon androgen sintetis. Hormon ini sudah banyak digunakan untuk mendapatkan benih ikan monosex jantan seperti pada, ikan Cupang, ikan Tetra Kongo (Zairin, 2002) dan ikan Lauhan (Handajani dan Santoso, 2004). Untuk ikan nila hormon Metiltestoteron dengan dosis 5 mg/l dapat menghasilkan 90% benih nila jantan (Handajani, 2006) dan membutuhkan waktu perendaman 5 jam . Tetapi hasil tersebut tidak maksimal,. Hal ini disebabkan belum didapatkan data tentang umur larva ikan nila yang tepat untuk menghasilkan benih monosex jantan yang maksimal, sehingga perlu dilakukan penelitian tentang “Perendaman Hormon Metiltestoteron pada Larva Ikan nila (oreochromis niloticus). Pembentukan Monosex Jantan berhasil apabila tergantung dari umur ikan nila telah diketahui terlebih dahulu.

BIOINFORMATIKA DI BIDANG BUDIDAYA PERAIRAN

Bioinformasi adalah memberikan informasi mengenai informasi-informasi genetik yang ada di seluruh dunia. bioinformasi ini merupakan salah satu perkembangan dari teknologi modern, yaitu kombinasi antara teknologi komputasi dan informasi-informasi genetik. Dalam hal ini, bioinformasi berperan dalam memberikan data sekunsing molekul DNA yang nantinya akan digunakan oleh para peneliti yakni dengan menggunakan analisis BLAST yang dihubungkan langsung pada bank gen dunia.

                 KLONING cDNA HORMON PERTUMBUHAN IKAN GURAME

  Hormon pertumbuhan ( growth hormone, GH) merupakan salah satu hormon yang disekresikan oleh somatotrof dari kelenjar pituari. GH memiliki peran penting dalam pengaturan pertumbuhan dan perkembangan dengan cara mendukung proses pembelahan, diferensisasi dan pembesaran ukuran sel. Pentingnya GH sebagai sebuah agen pengatur pertumbuhan dan potensi Aplikasinya dalam industri perikanan budidaya ikan membuat riset tentang GH banyak dilakukan terakhir ini. Pemberian GH pada ikan banyak dilakukan terakhir ini. Pemberian GH pada ikan akan memberikan respon tersendiri terhadap masing-masing jenis ikan.

         Sebagai ikan konsumsi bernilai ekonomis tinggi, ikan gurame dapat dijadikan prospek dalam budidaya ikan. Namun ikan air tawar ini memiliki pertumbuhan yang lambat. Pertumbuhan yang relatif lambat merupakan salah satu masalah utama pengembangan budidaya ikan gurame, yang diduga sebagai konsekuensi langsung dari laju pertumbuhan somatik yang rendah. Melihat potensi yang besar sebagai ikan ekonomis tinggi, maka dalam jurnal ini penelitian yang dilakukan bertujuan untuk memperoleh sekuen DNA Komplemen (cDNA) hormon pertumbuhan sebagai langkah awal dalam rangka pengembangan teknologi rekayasa genetika ikan gurame dan untuk mengetahui pola distribusi dan ontogeni ekspresi gen GH ikan gurami.

          Dalam penelitian ini digunakan beberapa metode, yaitu :

1. Ekstraksi RNA total dari kelenjar Hipofisa

2. Sintesis cDNA

3. Amplifikasi PCR

4. Purifikasi Fragmen DNA dari gel

5. Ligasi Produk PCR dengan Vektor Kloning

6. Transformasi dan inkubasi bakteri

7. Seleksi koloni Bakteri putih dan pembuatan master plate

8. Isolasi plasmid

9. Sekuensing dan Analisis Sekuens

           Secara sederhana metode yang digunakan pada penelitian, intinya adalah untuk melakukan kloning cDNA hormon pertumbuhan ikan gurami dapat dilakukan dengan cara yaitu mengambil kelenjar hipofisa ikan gurami untuk diambil ekstrak total RNA, kemudian dilakukan sintesis cDNA untuk mendapatkan produk cDNA keseluruhan, selanjutnya dilakukan beberapa kali proses sehingga didapat produk cDNA GH murni. Setelah mendapatkan cDNA yang diinginkan  kemudian dilakukan penanaman cDNA GH tersebut pada plasmid bakteri E.colli. Penginjeksian kedalam plasmid E.colli bertujuan agar bakteri tersebut membawa sifat genetik dari cDNA GH yang akan diberikan ke benih ikan gurami.

            Setelah melakukan penginjeksian menggunakan media tertentu, tahap selanjutnya dilakukan seleksi koloni bakteri putih dimana koloni tersebut diduga sebagai pembawa cDNA hormon pertumbuhan, kemudian dilakukan isolasi plasmid sebagai bahan sekuen untuk mengetahui susunan nukleotida cDNA GH ikan gurami. Sekuensing ini menggunakan analisis BLAST dari Bank gen dunia yang merupakan salah satu fasilitas Bioinformasi berbasis teknologi. Hasil sekuensing menunjukan bahwa cDNA GH guramemempunyai ukuran 843 bp yang menyandikan 204 asam amino tertentu, dapat diketahui pula bahwa hormon pertumbuhan ikan gurami memiliki sekuen nukleotida yang mirip dengan ikan lain seperti ikan sepat, ikan kerapu, ikan nila, ikan mujair, ikan salmon, dan ikan mas. Ternyata susunan nukleotida GH ikan sepatt memiliki kemiripan yang sangat erat dengan ikan gurame , hal ini juga menunjukan bahwa tingkat ekerabatan ikan sepat dan ikan gurame begitu erat.